Amikor Isztambult még Konstantinápolynak hívták a római, majd bizánci birodalom időszaka alatt, földalatti ciszternák százai épültek az utcák és házak alatt, azért hogy tárolják a vizet. A legnagyobb és a legszebb az összes közül a Bazilika Ciszterna, amely nevét onnan kapta, hogy a nagy bizánci köztér alatt található. Ez a lenyűgöző szerkezet a több, mint háromszáz boltíves oszlopával - melyek tetejét korinthoszi vagy dór nagybetűkkel díszítik- olyan, mint egy palota, ezzel kiérdemelve modern becenevét is: „Elsüllyedt Palota".

A helyiek Yerebatan Ciszternaként (Földalatti Ciszterna) is nevezik a víztározót. A ciszterna I. Jusztiniánusz császár építtette i.sz. 532-ben annak érdekében, hogy biztosítsa a Nagy Palota és a szomszédos épületek vízigényét. A víztározó 140 méter hosszú és 70 méter széles, így tárolási kapacitása 100.000 tonna. A víztározó mennyezetét 336 márványoszlop tartja, amelyek mindegyike 9 méter magas, szabályos sorokba és oszlopokba rendezett. Sokuk ezen oszlopok közül régi építményekből származó anyagokból épült, amelyeket valószínűleg a birodalom számos részéből hoztak Konstantinápolyba, azokkal anyagokkal együtt, amelyeket a Hagia Sophia építésekor is felhasználtak.

Talán a legszembetűnőbb látvány a ciszternában a mitikus szörnynek a Medúszának a két óriás feje. A Medúsza kőfejek a két oszlop lábazataként találhatóak a ciszterna északnyugati sarkában. Egyikük fejjel lefelé van elhelyezve, a másik pedig meg van döntve az oldalára. A furcsa elhelyezésük és a rejtélyes eredetük vonzza a látogatókat.

Azt mondják, hogy a fejüket azért helyezték el ebben a pozícióban, hogy megakadályozzák a Medúsza halálos tekintetét. Azonban az igazság ennél egy kicsit gyakorlatiasabb lehet – ugyanis ez az elhelyezés nyújtott megfelelő támogatást az oszlopoknak. Azután, hogy Isztambul elesett a török hódítás során 1453-ban, a törökök létrehozták saját vízi létesítményeiket a városban, mivel jobban kedvelték a folyóvizet az állóvíznél. A víztározót lezárták és feledésbe merült.

Csaknem egy évszázaddal később, amikor a holland tudós, Petrus Gyllius Konstantinápolyban a bizánci régiségeket kutatta, történeteket hallott arról, hogy a helyi lakosok vízhez jutottak azáltal, hogy vödröket eresztettek le az alagsorukban lévő lyukakba. Néha még halat is fogtak.

Gyllius úgy döntött, hogy kinyomozza ezt és végül a területen lévő egyik ház alagsorából elérte a ciszternát. A felfedezése ellenére azonban a törökök nem óvták megfelelően a víztározót, így a hely később szemétteleppé változott. Egykor lehetséges volt bejárni a földalatti ciszternát egy kishajón, ahogy James Bond tette a 1963-as az Oroszországból szeretettel című filmben. 1985-ben a helyreállítási munkálatok közben mintegy 50.000 tonna iszapot emeltek ki a víztározóból, megemelt platformok épültek, amelyek a hajókat kiváltották. A ciszternát a nagyközönség előtt 1987-ben nyitották meg.