1572-ben Valletta szerzetesének, a máltai lovagrend nagymesterének Jean de la Cassière-nek a megbízásából épült máltai Szent János Társkatedrálist tartják az európai barokk építészet egyik legjobb példájának és a világ egyik legnagyszerűbb katedrálisának.

A székesegyház belseje rendkívül díszes: faragott kőfalak, festett boltíves mennyezet és Keresztelő Szent János életét ábrázoló jelenetek díszítik a mellékoltárokat. A katedrálisban a leginkább figyelemre méltó a márványpadló, ahol a lovagrend közel 400 lovagjának és tisztjének síremléke található. Minden sírkő egy-egy színes intarziás márványlappal fedett, amelyeken a címer, a címerpajzs és a nemes lovag sírfelirata látható.

A Jeruzsálemi Szent János Lovagrend tagjai Európa legfontosabb családjainak nemesei voltak és a küldetésük az volt, hogy megvédjék a katolikus hitet a muzulmán erők ellen. A lovagok 1530-ban érkeztek Máltára azután, hogy a törökök 1522-ben elüldözték őket korábbi otthonukból, Rodoszból.

Máltát új bázisukként használva, a lovagok folytatták harcukat a törökök, különösen a berber kalózok ellen. I. Szulejmán oszmán szultán, mintegy 40 000 fős inváziós hadsereget küldött Málta ostromára, azonban mindezen haderő ellenére, a mintegy 6 000 fős kis sereget - melyeknek fele civil volt és csak 500 főnyi lovag harcolt- a törökök nem tudták legyőzni. A török ostromot követően, a lovagok Máltát katonai erőddé alakították és egy nemesek számára méltó új fővárost építettek.

Azon lovagokat, akik az 1565. évi „Nagy Ostrom” alatt estek el, eredetileg a St Angelo-erődben temették el, majd később hamvaikat újratemették immár a Szent János Székesegyházon belül. Később itt lettek eltemetve olyan nagymesterek is, mint Philippe Villiers de L'Isle-Adam, Claude de la Sengle, Jean Parisot de Valette, és Alof de Wignacourt.

A legkorábbi síremlék 1606-ra datálható, 25 évvel a templom után megnyitása után. A temetkezések a székesegyházban a XIX. századig tartottak. Ma, a katedrális az egyik legnépszerűbb turisztikai látványosság Máltán, és egyben a Máltai Kulturális Örökségvédelmi Hivatal listáján is szerepel.